In de richtlijn is voor de belangrijkste chemische stoffen aangegeven hoeveel ervan in het water mag zitten, wil het water nog worden beoordeeld als water van goede kwaliteit. Er staat dus in omschreven welke stoffen met welke hoeveelheid in het water mogen voorkomen. Ieder land bepaalt daarnaast zelf welke planten en dieren er minimaal in het water moeten voorkomen om als voldoende uit de bus te komen. Dat zijn de zogeheten ecologische doelen. Een bergbeekje in de Alpen hoeft daarbij dus niet aan dezelfde ecologische doelen te voldoen als een Nederlandse poldersloot.
Maar ook binnen onze landgrenzen gelden verschillende doelen. Ons land heeft vooral niet-natuurlijke en kunstmatige wateren, zoals kanalen en grachten. De ecologische doelen van deze wateren zijn (veel) lager dan van de natuurlijke wateren die erop lijken en als referentie dienen. Een plas in een gebied met veel zandgrond moet bijvoorbeeld aan andere eisen voldoen dan een scheepvaartkanaal.
Lidstaten van de Europese Unie zijn verplicht om te zorgen voor een betere waterkwaliteit, maar ze hebben de vrijheid om aan te wijzen welke wateren gelden als ‘KRW-wateren’. Nederland heeft de grotere waterlichamen, zoals grote sloten, kanalen en rivieren, aangewezen als KRW-wateren en de kleinere wateren als ‘overige wateren’. De meeste sloten, bovenlopen van beken en stadswateren in Nederland vallen onder de overige wateren.