De grootste uitdaging van biologische landbouw is de lagere opbrengst per hectare. Gemiddeld produceren biologische boeren zo’n 20 tot 30 procent minder per hectare dan gangbare boeren. Om de wereldbevolking biologisch te voeden, zou meer landbouwgrond nodig zijn, grond die nu natuur is.
Dat is een reëel dilemma. Als extra landbouwgrond ten koste gaat van bossen of natuur, kan biologisch per saldo meer schade aan biodiversiteit toebrengen dan voordeel opleveren. Onderzoekers discussiëren hierover: ‘land sharing’ (minder intensief over meer grond) versus ‘land sparing’ (intensief produceren op minder grond, natuur elders vrijhouden).
Biologische landbouw is ook niet in alle sectoren even goed toepasbaar. In de graanteelt zijn de opbrengstverschillen het grootst. In groenteteelt, fruitteelt en zuivel zijn biologische systemen al goed ingeburgerd en economisch haalbaar.
De prijs van biologische producten is hoger dan gangbaar. Dat maakt een volledig biologisch voedselsysteem vooralsnog niet toegankelijk voor iedereen.