Droogte en waterschaarste hebben grote invloed op de waterkwaliteit. Als er minder water beschikbaar is, worden vervuilende stoffen minder verdund. Stoffen zoals stikstof, fosfaat, pesticiden en medicijnresten komen dan in hogere concentraties voor in sloten, meren en rivieren.
Door lage waterstanden neemt de doorstroming af. Water blijft langer stilstaan en warmt sneller op. Warm, stilstaand water bevat minder zuurstof, wat kan leiden tot zuurstofgebrek, vissterfte en stankoverlast. Ook groeit algenbloei sneller bij hoge temperaturen en veel voedingsstoffen.
Daarnaast kan droogte leiden tot verzilting, vooral in kustgebieden. Zout water dringt verder landinwaarts en beïnvloedt de kwaliteit van zoet oppervlaktewater en grondwater. Dat maakt water minder geschikt voor natuur, landbouw en drinkwaterwinning.
Door deze processen staat de waterkwaliteit tijdens droge perioden extra onder druk. Minder water betekent niet alleen minder beschikbaarheid, maar ook slechter water, met gevolgen voor ecosystemen en drinkwatervoorziening.